近日，水稻所在Plant Biotechnology Journal（中科院大类一区，IF 10.5）发表了题为“Challenges in Bringing Pangenome Research Into Breeding: A Case Study in Rice”的综述论文。水稻所聂帅博士为第一作者，华南农业大学李方平博士及水稻所李日盛为共同第一作者，水稻所胡海飞副研究员、赵均良研究员、澳门中西创新学院陈俊杰教授为共同通讯作者。

　　论文系统总结了水稻泛基因组从线性模型到图结构模型构建的演进历程；梳理了基于泛基因组分析挖掘出的，因单一参考基因组遗漏的重要农艺性状新位点与候选基因（抗病、产量、耐热等）；分析了当前泛基因组在育种应用中受到的数据与变异形式复杂、分析工具适配性不足与算力成本较高、数据标准化程度与模型可解释性不足等限制因素。作者指出，为进一步推动泛基因组从“基础图谱”转化为可应用的育种工具，将SNP、PAV 等多类型变异整合为低成本、高通量的分型体系（如基因芯片与分子标记）是关键环节；并提出“泛基因组驱动的智能育种流程” 构想，即以种质资源与多组学测序数据为输入，经泛基因组分型与多组学整合解析遗传机制，结合模型预测输出亲本选配、QTL 聚合与基因编辑靶点，并通过田间试验验证形成迭代闭环，最终实现从复杂遗传信息到可操作育种流程的高效转化。

　　研究工作得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、广东省珠江人才计划、广东省自然科学基金等项目的资助。